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在做好充分准备后，率领一艘载有二十名传教士的货船，以贩卖糖料的名义，终于进入了中国，并惊喜的现，在日本时有过接触的松浦隆信的女婿，竟成了通关口岸的政务官，靠着这层关系，他才能打破外国人在大明的留居期限，一直在上海码头传教。
在这里，他见识了高度的文明和文化，上海城的富庶繁华，恐怕只有故国的马德里才能媲美，而这里人们的优雅修养，却是那些粗俗的远洋暴户，不能相提并论的。更让他不可思议的，据说这里只是刚刚建成的一座县级城市，比它更大更富有、更有底蕴的城市，在大明不计其数，这让沙勿略心中的仰慕之情，那真如滔滔江水绵绵不绝。无论如何都想去内地走一走、看一看……不过沈京没这个权力，现在见到沈默这位能帮他实现梦想的‘贵官人’，沙勿略马上表达出强烈的追随意愿。
而沈默也对耶稣会十分感兴，希望通过他们，将欧洲的哲学、科学引进来，能帮助大明人、尤其是士大夫们开阔眼界、改变观念——在这个由自然经济向商品经济过度的关键时代，思想的改变是重中之重。
于是沈默愉快的答应了沙勿略的请求，在离开上海时，允许他随行，至于别的方面，现在说来还早，还是等时机成熟再说。
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沈默在上海待了三天，与在苏州时的低调截然不同，他公开与商业协会人士会晤，参观建成的交易所、证券市场、保险公司；并作为见证人，出席了一部民间商业法典的签署仪式。
法典简称‘上海公约’。在长期贸易实践中，商人们痛感无法可依、缺少规范，导致贸易混乱、矛盾丛生，最后所有人的利益都大受影响，所以急需一个可以规范整个日常商业行为的东西，但谁来制定、怎么制定，这是个问题。
当时沈默还在苏松巡抚任上，很多人都认为，由他来出面制定一些东西，是最好的选择，但被沈默断然拒绝，他私下对一些头面人物说，谁制定，谁就有解释权。就是这套东西的主宰，你们信任我，我很高兴，但我毕竟是官方身份，也不可能永远在这儿，将来的巡抚上任，便会继承我的权力，也拥有解释权、甚至修改权，到时候你们岂不是被动了？
他这番话，对那些人的触动很大，使他们思考了许多之前从没想过的东西，经过一番合计，他们最终决定跳开官府，自己制定规范。也是在那一刻，他们对沈默的崇敬之情，上升到了前所未有的高度，在他们心中，这位无私、睿智、全心全意为他们着想的大人，已经有些凡入圣的意思了。
沈默虽然不出面，但还是给他们提了三点原则，尽可能让所有人参与制定、尽可能的公平、过程必须清晰透明，只有这样，这部公约才不会昙花一现、沦为儿戏。
最后他语重心长的嘱咐众人：“要想获得长久的。独立于官方的力量，必须要表现出比官方更高尚的品质、更优秀的素质，只有这样，才能凝集大而散的力量，变得牢不可破——这部公约的制定，就是你们能否做到的试金石！”
另外，他还提醒众人，法令条文不是骈散美文，要求条款直白无误，没有歧义，不怕啰嗦。只怕错漏，要尽量以口语化的文字，浅显易懂的措辞书写，以让尽可能多的人明白无误为最终目标。
但事情知易行难，当要去制定一部各方认可的公约时，就必须去协调各方面的利益，必须让商业活动的参加者，都认可公约内容，才有可能一致承认它、拥护它。
为了达到这一目标，公约编纂委员会……由各行各业的商业协会推举出一百名代表组成……花费整整三年时间，历经九次大修改、无数次小变动，才拟出这么一部草案，这个过程中，沈默尽量不参与意见，只有成稿之后，才第一次观看，且没有对条款本身，提出任何意见，只是提醒编委会人员，在日后施行时，千万不要敝帚自珍，认为条款不容更改，只要出现不合适、不正确的地方，都要立即进入修改程序……但必须获得委员会三分之二的赞成，才可最终修改……为的是保持公约的权威性和对实际情况的适应性，只有这样，才能减少不满、赢得信赖，保持长久的生命力。
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公约签订仪式那天，上海城码头广场上人山人海，各行各业的商人们济济一堂，就连平素不露面的大户们也到齐了，因为这是他们第一次为自己制定规则，自己主导自己的命运。这个日子，实在是太值得所有人记忆了。
在这个仪式上，作为上海城的设计者，这部法典的倡导者，在场大户巨商唯一信服的人。沈默想保持低调也不可能了，他被推举到台前，表致辞。
面对着广场上乌压压的目光，沈默知道自己所说的一切，不只是这些人会听到，如果言辞过激，会对自己的未来，造成难以预料的影响，但他还是要亮明旗帜，出振聋聩的声音！
他在简短的祝贺后，便开篇明义道：“《吕氏春秋》说，农为本，商为末。故中国历代以来，有重农轻商之说！此乃大谬矣！”这话一出，满场皆惊，沈大人敢否定国家的农本思想？虽然大家都很喜欢听，但还是为他的命运捏一把汗。
但沈默下面的话，又让人们放下心来：“为什么说这话错呢？吕氏春秋是谁编的，吕不韦，他是干什么的？丞相，但更是商人。每个人都有自己的立场，都会为自己的集团说话，难道吕丞相脑壳坏掉，会说自己的坏话吗？他是多么精明的人，显然不可能。”顿一顿，他接着道：“‘本’是木之根；‘末’是木之枝叶，一棵树没了根，就倒塌，就活不下去，正如农业至于国家，所以说是农为本！但一棵树光有根能行吗？没有枝、没有叶，光秃秃的一根树干，能长大成材吗？”说着笑笑道：“谁种过树，告诉我什么树不用枝繁叶茂，就可以长成参天大树？”掌声，欢笑声四起。